En la Baja Edad Media había cinco Estados en la Península:
Castilla, Aragón, Navarra, Granada y Portugal. Las Coronas de C. Y A son los núcleos fundamentales del reinado de los Reyes católicos.

C

Tenía una extensión y una población mayor que A, pero de mayor importancia eran sus diferencias históricas y políticas:

a) En C la monarquía gozaba de poderes más extensos que en la Corona de A, pero los tuvo que ir ganando frente a una nobleza rebelde que protagoniza revueltas contra los reyes y que dejan a C en el s. XV convertida en un verdadero caos. Las Cortes en C se caracterizan por su debilidad congénita: los reyes en C no tienen la obligación de convocar Cortes de manera regular y además éstas no tienen participación en el poder legislativo.

b) La Corona de A era una federación de varios territorios: el Reino de Aragón, el Principado de Cataluña, el Reino de Mallorca y el Reino de Valencia. Y a su vez, estos núcleos tenían dependencias en el Mediterráneo (Cerdeña, Sicilia, Nápoles). Aquí se creó un sistema político propio definido por el pactismo,  que conjugaba el orden y la libertad. Partía de la existencia de un pacto entre el rey y sus súbditos, en el que ambos debían respetar sus obligaciones, reconocer la limitación de sus poderes y garantizar las libertades individuales. Además, las Cortes aragonesas debían ser convocadas regularmente y compartían con el monarca el poder legislativo.

La uníón de la Corona de Aragóny la de C se produjo unos años después del matrimonio entre Fernando (heredero de A)
, e Isabel de Castilla, heredera de su hermano Enrique IV. La uníón dinástica entre Castilla y Aragón estaban en un momento difícil, ambas monarquías sufrieron graves crisis políticas  a finales de la Edad Media:

* En Cataluña se produce una crisis económica, una grave crisis social  y una crisis política (se enfrentaron Juan II,(padre de Fernando), con su hijo Carlos de Viana por el trono de Navarra) esto les llevó a una Guerra Civil (1462-1472). 

* Castilla tendrá problemas sucesorios en 1474, muere Enrique IV y su hermana Isabel de Castilla se autoproclama reina con la oposición de parte de la nobleza que apoya la candidatura de una supuesta hija de Enrique IV, Juana. Entre 1475-1479 surge una Guerra Civil en la que lucharán Isabel y Juana apoyada por Portugal y una parte de la nobleza más importante. Esta guerra la gana Isabel

En este contexto de Guerra Civil doble, el enlace de Fernando con Isabel permitíó el fortalecimiento de ambos. En 1479 se acaba la guerra castellana y muere también Juan II de Aragón, y el poder pasa a Fernando
.

Desde el punto de vista político, la uníón fue dinástica: ambas Coronas conservan su autonomía, instituciones, leyes, costumbres, moneda, lengua, fronteras y aduanas. Comparten sólo las personas de los monarcas y la Inquisición. Pero como C era más potente, terminó por imponerse: la corte se alojó mayormente en C, permitiendo la promoción política de las élites castellanas y el autoritarismo como forma de entender el poder se fue imponiendo frente al pactismo Aragónés. 

Los reyes Católicos querían crear una monarquía autoritaria que se impusiese sobre las fuerzas que en la Edad Media habían competido con la monarquía por el poder (nobleza, clero, municipios y Cortes). Sin embargo, en ningún momento se intentó unir a las dos Coronas en un mismo modelo político.
Fernando sabía que en la C.A debía terminar con un largo período de discordias, apoyándose en el sistema propio de esta zona (el pactismo). Los reyes en el s. XVI podrían actuar como monarcas autoritarios en Castilla pero seguirían siendo monarcas limitados en la C.A

Por ello, en Castilla
:
Prescindieron de las grandes familias nobiliarias en el poder aunque intentaron asegurar su importancia económica y social. Para ello apoyaron normas: Ley de mayorazgos garantizaba la herencia indivisible para el hijo mayor de la familia o concederle privilegios para la Mesta (organización de grandes ganaderos castellanos). A la Iglesia la someten a través del uso de una serie de derechos: el Patronato regio o derecho de presentar candidatos ante el Papa a la hora de elegir a los obispos de los territorios recién conquistados. También asumieron la dirección de las Órdenes militares, y con ella, sus inmensas propiedades. Controlaron el poder de las ciudades mediante la presencia de una figura: los corregidores, que eran funcionarios designados por la COR con amplios poderes. Las Cortes subsisten pero no son convocadas durante largos períodos de tiempo y a través de los corregidores los reyes controlan los nombramientos de los representantes de las ciudades que acuden a Cortes. Por último, se organizaron instituciones para dejar claro que la máxima  autoridad es la de la COR
:
Las Chancillerías, el Consejo de Castilla y la Santa Hermandad para recuperar el orden en Castilla, que realizaba funciones policiales y judiciales.  

En la C de A se mantuvo la importancia de las Cortes y su carácter federal; se creó el Consejo de Aragón, donde había representantes de Cataluña, Valencia, Aragón, Mallorca, Sicilia, Cerdeña… y continúa existiendo la figura del virrey como representante del rey en los diversos territorios de la Corona.

B) FORTALECIMIENTO DEL PODER RELIGIOSO

La nueva monarquía reafirmó su carácter católico ante las otras religiones que convivían en sus territorios. Respecto a los judíos, el problema era el odio popular al que era sometida esta minoría a pesar de su importante papel en la economía y en la vida cultural y científica. Las matanzas de judíos forzaron a muchos de ellos a convertirse al cristianismo (conversos), pero dentro de ellos había un grupo que volvía a practicar sus ritos en secreto  y que se conocen como judaizantes. Para evitar que creciera este grupo los reyes crean la Inquisición española. Pero con esta medida no se soluciona el problema y se piensa que la única forma de acabar con él era evitar el contacto de conversos con judíos. Así se llega a la decisión de expulsar a los judíos de España (31 de Marzo de 1492). El problema, lejos de resolverse, empeoró ya que aumentaron los judaizantes. El vacío dejado por los judíos que se marcharon no fue llenado por ningún grupo de castellanos ni de aragoneses y sus actividades económicas fueron cubiertas por extranjeros que cogieron la parte más dinámica del mundo de los negocios. También supuso que en la España de los Austrias apareciera la obsesión por la “limpieza de sangre”, que era exigida para acceder a determinados cargos e instituciones y se sentaran las bases de la intolerancia y fanatismo que caracterizó a la monarquía hispánica en los dos siglos siguientes.

Respecto a los musulmanes, con la conquista de Granada en 1492 los reyes se comprometieron a garantizar a sus nuevos vasallos mudéjares (islámicos) sus propiedades, religión, lengua, costumbres, y no hubo problemas hasta que intervino el Cardenal Cisneros. En 1499 se hicieron bautismos forzosos, en masa, y eso produjo un levantamiento en armas que fue sofocado por el rey Fernando y cuya consecuencia más importante fue la Pragmática de 1502 donde se ordenaba la expulsión de todos los musulmanes de Granada y Castilla que no se convirtieran al cristianismo. A los mudéjares convertidos se les conocerá con el nombre de “moriscos”. El islamismo se sigue practicando de forma secreta (criptoislamismo).

La nueva monarquía llevó a cabo una agresiva política expansionista orientada al control de toda la Península Ibérica. Emprendíó la conquista del Reino de Granada haciendo un esfuerzo económico y militar sin precedentes, y utilizando los enfrentamientos internos de los soberanos musulmanes hasta derrotar al último, Boabdil, en 1492. También entrarán en Navarra: con el pretexto de una alianza secreta entre Francia y Navarra; en 1512 Fernando manda un ejército para ocupar el territorio, y consigue definitivamente la “unificación” de las tierras peninsulares menos Portugal. Navarra se anexiónó en 1515 a la Corona de C. 

La integración de Portugal se persiguió con alianzas matrimoniales, que fracasaron por la muerte prematura de los herederos (su hija Isabel y su nieto Miguel). 

Fuera de la Península, C se volcó hacia el Océano Atlántico (el norte de África, Canarias y América) y A hacia el Mediterráneo (Nápoles). El descubrimiento de América se incluye en un proceso protagonizado por C que tenía como objetivo encontrar una ruta nueva hacia Asía (Portugal lo consiguió circunnavegando África). El descubrimiento de Colón creó tensiones con Portugal por el control de las nuevas tierras, siendo al final solucionado en el Tratado de Tordesillas (1494).

Se pueden destacar dos aspectos: a) este reinado es el punto final de la fragilidad de la monarquía propia de la Edad Media; sobre todo en C da comienzo el Estado Moderno, caracterizado por una monarquía autoritaria que había neutralizado a los grupos o instituciones que años atrás le disputaban el poder. B) Sin embargo, permanecerá la presencia en esta monarquía de dos modelos políticos diferentes (castellano y Aragónés) y se mantendrá hasta el s. XVIII. Por tanto la unidad de las Coronas de A y C no es tan profunda como puede aparentar. La crisis que se da tras la muerte de Isabel hace peligrar esa uníón y, aunque no se llegará a la separación, la política matrimonial mantenida por los reyes respecto a sus hijos dará como resultado que ambas Coronas terminen en manos de un rey extranjero. Este rey es Carlos I, que toma posesión de las Coronas castellana y aragonesa, dando comienzo a la dinastía de los Austrias.