Primera fase (hasta Noviembre de 1808)

En el plano militar, en un primer momento, los franceses se centraron en tratar de sofocarlos levantamientos urbanos surgidos por todo el país. Ciudades como Gerona, Zaragoza o Tarragona fueron sometidas a sitios por las tropas francesas, soportando los bombardeos y el desabastecimiento, pero con su esfuerzo conseguirán inmovilizar a gran parte del ejército francés. En Junio comenzó el primer sitio de Zaragoza, cuya posesión era fundamental para controlar la importante vía de comunicación del valle del Ebro. La ciudad aragonesa resistíó heroicamente bajo el mando del general Palafox.

En Cataluña, los franceses se ven obligados a retroceder en el desfiladero del Bruch. En Julio de 1808, el general Castaños derrotó a las tropas francesas en la batalla de Bailén. Este hecho tuvo una gran repercusión internacional. Por primera vez, un ejército napoleónico era derrotado en campo abierto, haciéndole además unos 19.000 prisioneros. Las tropas francesas se vieron obligadas a retroceder hasta el Ebro.

Se dieron entonces las condiciones adecuadas para que las Juntas Provinciales formasen la Junta Central Suprema, encargada de coordinar la lucha y dirigir el país. Esta Junta, en la que se encontraban antiguos ilustrados como Floridablanca y Jovellanos, reconocíó a Fernando VII como rey legítimo y asumíó la autoridad hasta su retorno. La Junta Central hará una convocatoria de Cortes Generales y Extraordinarias para organizar el país hasta la vuelta del rey. Este acto es en sí mismo revolucionario ya que el derecho a convocar Cortes era exclusivo de la Corona.

Segunda fase (Noviembre de 1808-primavera de 1812)

Esta segunda fase viene determinada por la reacción francesa ante la derrota de Bailén. Napoleón, que había subestimado la capacidad de resistencia española, envió la Grand Armée, un poderoso ejército de 250.000 soldados, en su mayoría veteranos de guerra, bien entrenados y dirigidos por el propio emperador acompañado de sus mejores mariscales. El ejército español poco pudo hacer ante su enorme inferioridad militar y no ofrecíó apenas resistencia. El ejército francés vence a los ingleses en Espinosa de los Monteros y a Castaños y Palafox en Tudela.

Tras una nueva victoria francesa en Somosierra, el hecho de armas más importante fue la toma de Madrid el 4 de Diciembre. En Enero de 1809, tras una larga persecución, los británicos eran obligados a reembarcarse tras sufrir una severa derrota en la batalla de La Coruña y los españoles son derrotados en la batalla de Uclés. Zaragoza sufríó un segundo sitio, más devastador que el primero, y cayó en poder de los franceses cuando ya era prácticamente un montón de ruinas. Napoleón abandonó el país en Enero de 1809, cuando la victoria francesa parecía ya asegurada, dejando al mariscal Soult a cargo de todas las operaciones.

Ante el imparable avance francés, la Junta Central tuvo que desplazarse a distintos lugares y finalmente terminó por refugiarse en Cádiz, la única ciudad que, ayudada por los británicos, resistirá al asedio de las tropas napoleónicas.

Desde 1809, la guerra convierte en una guerra de desgaste. Con el ejército español desarticulado, la resistencia a la invasión se realizó mediante la conocida como guerra de guerrillas, una forma peculiar de lucha armada, especialmente en el medio rural, basada en partidas o pequeños grupos locales de entre unos 30 y 50 combatientes. Su fortaleza radica en la táctica que utilizan: el guerrillero rehúye la batalla frontal, en la que se sabe inferior, y opta por golpear repetidamente, mediante emboscadas, a grupos reducidos de enemigos.

La procedencia social de estos guerrilleros es muy variada, labradores, artesanos, estudiantes, abogados, soldados de las unidades dispersadas, clérigos e incluso delincuentes y bandoleros. Los guerrilleros, con su conocimiento del terreno y el apoyo de la población civil, hostigaban al ejército francés permanentemente. Por sorpresa, destruían sus instalaciones, interferían sus movimientos y asaltaban los convoyes de avituallamiento, sometiendo a los franceses a una presión y desgaste continuo, obligando a mantener a un elevado número de hombres en tareas de vigilancia y escolta, sin poder participar en operaciones de guerra convencional, al tiempo que se erosiona la moral de los invasores constantemente amenazados por un enemigo invisible.

El ejército francés, incapaz de luchar con efectividad contra estas guerrillas, reacciónó aplicando una dura represión indiscriminada contra la población en su conjunto lo que no hizo sino fortalecer a la propia resistencia.

Tercera fase de la guerra (primavera de 1812-1813)

La tercera y última fase de la guerra se inició en la primavera de 1812, cuando Napoleón se vio obligado a retirar de España una parte muy importante de sus tropas para afrontar la invasión de Rusia. En Julio de 1812, el general Wellington, al frente de tropas inglesas, portuguesas y españolas, ayudado por las partidas guerrilleras, derrota a los franceses en Los Arapiles, cerca de Salamanca, los termina expulsando de Andalucía y entra en Madrid, obligando a José I a dejar la capital.

Las tropas francesas iniciaron un repliegue hacia el norte. En el verano de 1813, las batallas de Vitoria y San Marcial consuman la derrota francesa obligando a José I a cruzar la frontera. Las tropas españolas llegan incluso hasta la ciudad de Bayona en Francia. Napoleón decidíó entonces pactar el fin del conflicto con los españoles y permitir el retorno de Fernando VII, apodado ya el deseado. Para ello se firma el Tratado de Valençay el 11 de Diciembre de 1813.