La II República y la Guerra Civil en el País Vasco (1931-1939)
En 1931 el País Vasco presentaba particularidades políticas y sociales: el nacionalismo que se había reunificado en el PNV tenía a su izquierda la competencia de una izquierda nacionalista en ANV, creada en 1930; las derechas tradicionales estaban muy desunidas y la izquierda republicana y socialista resurgía con un líder claro en Indalecio Prieto.
En el Pacto de San Sebastián no participó el PNV, que mantenía neutralidad en cuanto a la forma de Gobierno, mientras la Comunión Tradicionalista y las derechas apostaban por la monarquía y las fuerzas republicano-socialistas y ANV proponían la República. El 12 de abril triunfaron en las elecciones municipales las derechas y el PNV en los medios rurales_ en todas las ciudades medias o grandes, salvo Vitoria, lo hacían los republicanos y socialistas. El día 14 de abril Eibar fue la primera ciudad en proclamar la República en España mientras José A. Aguirre, alcalde nacionalista de Guecho, proclamó la «república vasca vinculada en federación con la República española» al igual que Maciá en Barcelona pero sin la eficacia de este caso.
La Guerra Civil (1936-1937)
Desde el 19 de julio los militares sublevados y los voluntarios carlistas se apoderaron de casi toda Álava; en Vitoria la cabeza era Camilo Alonso Vega, pero el golpe fracasó en Bizkaia y Gipuzkoa. Se crearon juntas de defensa en ambas provincias; la de Bilbao apenas tuvo problemas para controlar la situación, mientras en Gipuzkoa la Junta de Defensa tardó una semana en hacerlo. Las milicias estaban formadas por militantes del Frente Popular, de la CNT y del PNV, a pesar de que en este partido se produjeron algunos abandonos a favor de los sublevados. La batalla más importante se produjo en la zona del Bidasoa donde las columnas de requetés navarros ocuparon Irún en los primeros días de septiembre. El día 13 de este mes cayó San Sebastián. La resistencia de las milicias vascas contaba con unos 20 batallones sindicales y otros 25 de afectos al PNV. Se intentó una contraofensiva en Villarreal en noviembre que fracasó. Poco después, tras un cambio de estrategia en el ejército franquista, el frente norte pasó a ser primordial y crecieron enormemente los contingentes de soldados a las órdenes de Mola, con la colaboración italiana y alemana.
El Estatuto de Autonomía
Parece claro que la guerra aceleró el proceso estatutario. La oportunidad la dio la formación del Gobierno de Largo Caballero en septiembre y la necesidad de contar con el PNV a quien se le ofreció una cartera ministerial. El PNV envió a Madrid a Aguirre al frente de una delegación que negoció con el Gobierno la aprobación rápida del Estatuto por decreto a lo que Largo Caballero se comprometió pero mediante aprobación en las Cortes.
Mientras tanto Manuel de Irujo, uno de los dirigentes nacionalistas de mayor prestigio y actitud democrática, aceptó un ministerio sin cartera. Las fechas de promulgación del estatuto se enmarcan en los comienzos de la segunda fase de la Guerra Civil en el País Vasco, con la estabilización del frente de guerra entre Bizkaia y Gipuzkoa.
El 1 de octubre Aguirre intervino en sesión de Cortes y reafirmó su compromiso con la República en la lucha contra el fascismo. A continuación, el Estatuto fue aprobado por unanimidad de los escasos cien diputados presentes. Fue denominado «Estatuto de Elgueta» por coincidir su aprobación y promulgación con el momento en que el avance fascista en el País Vasco era detenido por la resistencia de las milicias sindicales y los gudaris nacionalistas en una línea de frente dominada por los Intxortas, montes en torno a esa localidad guipuzcoana.
El Estatuto era diferente en su contenido al que fue aprobado en 1933. Fue resultado del acuerdo entre Aguirre y Prieto, por el PSOE, buscando semejanzas con el de Cataluña y brevedad: solo catorce artículos y cuatro disposiciones transitorias: fijaba las competencias del poder autonómico, mantenía la vigencia de los conciertos de las provincias vascas que daban a sus diputaciones forales amplias competencias; no se alude a Navarra y se deja para más tarde la organización de las instituciones de Gobierno y del poder legislativo que deberá ser acordada por una representación democrática y proporcional de la población vasca; se fija la responsabilidad de promulgación de la Ley en el Congreso de los Diputados; incluye la delimitación territorial del País Vasco y declaración de cooficialidad del euskera y el castellano (art. 1); cede a la «región autónoma» las competencias de policía y orden público y señala el carácter provisional del Gobierno autonómico. El estatuto prevé la inmediata formación de un Gobierno a partir del voto de los concejales. Para el Gobierno era lógico que la mayoría apostase por Aguirre y la izquierda no presentó candidato alternativo. Además Aguirre declaró que su gobierno sería de concentración al igual que lo era el de Largo Caballero. El día 7 de octubre se formó Gobierno tras la votación llevada a cabo por concejales sobre todo vizcaínos y guipuzcoanos en la Casa de Juntas de Guernica. Aguirre fue investido lehendakari e inauguró la fórmula de juramento ante el árbol. Presentó su Gobierno, en el que figuraban junto a una mayoría nacionalista representantes del Frente Popular pero no de la CNT a pesar de que sí participaba en las Juntas de Defensa. En este Gobierno figuraban personalidades históricas del nacionalismo vasco como Telesforo Monzón, Heliodoro de Torre o Jesús M. ª de Leizaola (del PNV) y Gonzalo Nardiz (de ANV), además de tres socialistas, dos de Izquierda Republicana y un comunista. El Gobierno perduró hasta la caída de Bizkaia en junio del año siguiente.
El Gobierno del País Vasco y el fin de la guerra
El programa del Gobierno estatutario era moderado y apostaba por el acceso a la propiedad de la tierra de los cultivadores, la participación sindical en la gestión de las empresas; la defensa de la cultura vasca y el euskera y las garantías para la práctica religiosa, así como la preocupación por el orden público. En el periodo de vigencia del Estatuto de escasos nueve meses, apenas la labor de Gobierno pudo centrarse en los problemas de organización militar y defensa, con un ejército (Eusko Gudarostea) que llegó a contar con 40000 combatientes, mandados directamente por Aguirre como Consejero de Defensa. El Gobierno vasco emitió moneda, reorganizó la justicia, emitió pasaportes; creó la Universidad Vasca, etc. La ofensiva de los atacantes tuvo un eco internacional grande por bombardeos alemanes bajo órdenes de Franco, sobre la población civil en Gernika (26 de abril) y en Durango (31 de abril). Se produjo entonces la evacuación de unos 20000 niños vascos principalmente a Francia y se inició la resistencia en el llamado «cinturón de hierro de Bilbao». La defección del ingeniero Goicoechea que pasó información clave a los franquistas, facilitó que la ofensiva culminase el día 19 de junio con la entrada en Bilbao de las Brigadas Navarras y el ejército italiano. Cuatro días más tarde Franco derogó el Concierto Económico de Bizkaia y Gipuzkoa, manteniéndolo en Álava y Navarra. La caída de Bizkaia supuso un golpe decisivo para la República. La mayor parte de ejército vasco pasó a Santander y mientras los batallones de izquierda continuaron la resistencia, los batallones nacionalistas con Ajuriaguerra a la cabeza en agosto intentaron una entrega mediante negociaciones al ejército italiano. Por el llamado «Pacto de Santoña» miles de combatientes se entregaron al CTV italiano, pero los oficiales franquistas no admitieron ningún acuerdo e inmediatamente fueron encarcelados los dirigentes y oficiales derrotados en el penal del Dueso donde un mes más tarde fueron fusilados los más significados. Aguirre y parte de su Gobierno, junto a numerosos combatientes, pasaron a Cataluña, donde permanecieron hasta 1939. El último ministro en el Gobierno de la república fue Tomás Bilbao, de ANV. Mientras tanto la gran burguesía vizcaína se volcaba en el apoyo a Franco a partir de las instalaciones industriales que habían subsistido intactas a la guerra.