La oligarquía abandonó la vía legal y parlamentaria para decantarse por el «golpe de estado» al que se opusieron campesinos, obreros y parte de la clase media. Un sector de la izquierda también quería abandonar la legalidad. El golpe de estado fue declarado pronunciamiento clásico. Con apoyo de civiles, ciertas guarniciones se declararon en estado de guerra apoderándose del gobierno y formando una junta de militares que derivaría en un enfrentamiento civil armado. En julio, después de eliminar a la república, las tropas ocuparon Tetuán, Ceuta y Melilla. Todo el protectorado quedó en manos de los sublevados, a lo que ni Quiroga ni Azaña tomaron medidas. El día 18 se reconoció la insurrección. Franco viajó a Marruecos (Canarias) para dirigir al ejército. Mola ocupó Pamplona y Quiroga extendió la insurrección por Andalucía y ocupó Sevilla. Presionado por los hechos, Quiroga dimitió. Azaña nombró presidente del gobierno republicano a José Giral. A la mañana siguiente les entregaron las armas a los sindicatos, lo que produjo la división del territorio español.
Los fascistas europeos apoyaron a los rebeldes, enviando 20.000 soldados. Leon Blum llegó a un acuerdo de no intervención al que se le unieron un total de 27 países. Alemania e Italia aumentaron la ayuda, que fue más numerosa en la parte italiana pero más importante en la alemana. La república compró las armas a la URSS a la que le pagó con 510 toneladas de oro del Banco de España. En el 36, la España nacional nombró a Franco «generalísimo» y «jefe del gobierno del estado español», en el 37 se le nombró jefe del partido único conocido como «Falange Española Tradicionalista y de las Juntas de Ofensiva Nacional Sindicalista». En el lado republicano, en el 36, se crearon órganos de poder que dirigían la vida civil, las industrias fueron colectivizadas menos en el País Vasco, la banca no fue nacionalizada. La colectivización del campo fue drástica dando paso a un comunismo libertario. En septiembre, Azaña formó un gobierno presidido por Largo Caballero, con el fin de centrar el esfuerzo bélico y reconstruir el estado republicano, pero su interior quedó dividido en los radicales y los republicanos.
El 2 de mayo se produjo un enfrentamiento cuando la Generalitat quería ocupar la Telefónica de Barcelona, ocupada por la CNT, esto acabó con la llegada de los guardias de asalto. Las consecuencias fueron la asunción por el gobierno de la Generalitat en la parte de defensa y orden público, la caída de Largo Caballero y el desplazamiento de los centros de decisión del anarco-sindicalismo. Negrín formó otro gobierno y lo trasladó a Barcelona. La ayuda italo-alemana produjo pesimismo. Negrín resistía a ultranza, esta política pasaba por el control del estado de los recursos y el planteamiento de guerra a cargo del ejército popular. En el 38 Negrín incluyó a la CNT y elaboró un programa de «trece puntos» que no tuvo importancia dentro ni fuera de España. Los países que apoyaban a Franco lo siguieron haciendo y los que apoyaban a la república retiraron el apoyo y esto fue el fin de la guerra. La primera fase del conflicto se produjo cuando Franco cruzó el estrecho en el 36 acompañado de las tropas africanas. Su objetivo era Madrid.
En agosto toma Badajoz, tras convertirse en jefe del ejército decide ir a Toledo y liberar al general «Moscardó». En octubre llega a las puertas de Madrid donde los madrileños se resisten. En noviembre el gobierno republicano se traslada a Valencia dejando a cargo de Madrid al comandante «rojo». Brigadas internacionales, rusos y tropas anarquistas ayudan a los madrileños. En la segunda fase los sublevados intentan cortar la comunicación entre Valencia y Madrid. Hubo dos grandes batallas, Jarama (F) y Guadalajara (M), con victoria de la república. Los sublevados, al no conseguir su objetivo, fueron hacia el norte en busca de recursos mineros. El primer bombardeo aéreo sobre civiles corrió a cargo del general Mola que lo dirigió hacia Guernica. La república respondió atacando Brunete y Belchite. A finales del 37 la república aún tenía esperanzas e hicieron reformas en el ejército, ocuparon Teruel pero en febrero del 38 Franco les quitó Teruel, a raíz de esto se dio la campaña de Aragón, llegando al Mediterráneo en abril y dividiendo el territorio republicano en dos.
Tras recibir un armamento, la república decidió atacar la zona del Ebro con el fin de volver a unir los territorios, fue la batalla más importante ya que la república terminó derrotada y mermada, a lo que Franco decidió atacar Cataluña haciendo que los gobiernos de País Vasco, Cataluña y Generalitat huyan hacia Francia. La última fase del conflicto fue en el 38 cuando a la república solo le quedaba la zona centro, Negrín vuelve de Francia para reorganizar la república, pero se produjo una sublevación contra la república. Segismundo, que estaba encargado de Madrid, pactó la entrega de la misma. Cuando los nacionalistas ya la controlaban se hizo una junta de defensa. Franco pidió la rendición sin condiciones, por lo que la república entregó las armas. El 28 de marzo, Franco ocupó Madrid y seguido ocupó toda la zona mediterránea. El último parte de guerra se firmó el 1 de abril. Las repercusiones de la guerra fueron demográficas: con más de 1 millón de muertos. De represión: con numerosas condenas, personas detenidas, exilios interiores, etc. De exilio de forma cualitativa en lo que a intelectuales y científicos se refiere. Los principales lugares de exilio fueron México y Francia. Por último las pérdidas económicas: pérdida de las reservas de oro del Banco de España, gastos de la guerra, descenso de la población y destrucción de infraestructuras.