En el caso de la MONARQUÍA HISPÁNICA la segunda mitad del XVI está ocupada por el reinado de Felipe II que es casi coincidente en fechas con la de maría. Empieza en 1555, y va a morir en 1598. Será el brazo defensor del catolicismo. En razón de la preeminencia de la monarquía hispánica, al tratarse de la primera potencia de la Europa del XVI. Es esta posición la que de algún modo obliga a la monarquía hispánica a velar por mantener su unidad interna. Hay razones de intereses políticos, no solo por las creencias. Por eso, durante el reinado de Felipe II encontramos un mayor peso de la Inquisición y desarrolla una durísima actuación como garante de la unidad religiosa. esto explica que sea a partir de aquí cuando en España se difunden y se hacen imprescindible los expedientes de limpieza de sangre para entrar en la Administración, para tener un cargo público, tener una profesión liberal o entrar en la religión. Se debe demostrar que es católico al menos de tres generaciones. Se discrimina así a los nuevos conversos.
Otro elemento que será reflejo del cierre religioso de Felipe II será el estallido del problema morisco. Desde la rebelión del Albaicín desaparecen los mudéjares en el XVI. Solo queda población morisca, de hispanomusulmanes convertidos al catolicismo. Sobreviven a la primera mitad del XVI manteniendo sus costumbres, lengua e incluso leyes, aunque viven al margen de la sociedad cristiana, o no acaban de integrarse en ella. Este mantenimiento de formas de vida y actitudes diferentes, lo convierte en la segunda mitad del XVI en un potencial enemigo. Se sospecha que esta población mantiene contactos con un enemigo principal que es el Imperio Turco que trata de extenderse por el Mediterráneo. Además es un peligro social porque no es una población totalmente asimilada. En 1566 Felipe II da una pragmática que obliga a los moriscos a abandonar todo signo que les diferencie de los católicos. La promulgación no va a ser bien recibida por los moriscos, que consiguen organizarse, y al año siguiente, el 24 de Diciembre, se rebelan contra Felipe II en las Alpujarras, centro de población morisca. Liderada por Aben Humeya. Se extiende a zonas de Málaga, y contará con el apoyo de los turcos que ven un conflicto que les permita ayudar a sus correligionarios, y un modo de atacar a la monarquía de Felipe II. Durará dos años. Terminará cuando Felipe II decide mandar a un importante cuerpo de ejército comandado por Don Juan de Austria que en 1570 consigue controlar toda la zona de las Alpujarras y acabar con la Rebelión. El fin va a verse seguido de una política de represión dura contra los moriscos. Van a ser dispersados por el reino de Castilla, especialmente por la zona de Castilla la Nueva. Algunos llegarán más al norte. La zona de las Alpujarras será poblada con castellanos, algunos incluso de Galicia.
Otro acontecimiento fruto de este enfrentamiento es la Revuelta de Flandes, que fue una sublevación nacionalista que canaliza el descontento que existía en el territorio hacia Felipe II. Afecta a las élites sociales y al pueblo, pasando por la burguesía mercantil. Este descontento social va a encontrar en la causa religiosa un elemento esencial para concretarse y dar lugar a la Rebelión. La religión vino a enfrentar las posiciones y los distintos bandos. Dividió a la población y tuvo repercusión internacional. Cada uno buscará sus aliados en el exterior. Los flamencos encuentran el apoyo de los protestantes, tanto Inglaterra, como los estados del Imperio. Y Felipe II encontrará el apoyo del Papado.
Y en tiempos de Carlos V habían aparecido focos protestantes en Flandes que se expanden con el calvinismo. Además, el descontento de la población va creciendo, especialmente cuando las necesidades económicas de la monarquía incrementan las demandas de impuestos que ha de pagar esa población. A partir de ahora es cuando el descontento hacia el monarca aumenta, e incrementa la desafección hacia la corona. El territorio de Flandes tenía como gobernadora a Margarita de Parma que no se mostró demasiado hábil en la negociación con las élites flamencas, y esa torpeza suya para hacer comprender la necesidad de los impuestos, o buscar afectos hacia Felipe II, hará que se empeore la situación. Tampoco ayudó a corregir esta torpeza la actuación de sus colaboradores en el gobierno: el Cardenal Granvela y el Conde de Berlaymont. También perdía poder en la corte los nobles que más cerca estaban de la monarquía, como el Conde de Egmont, y el Príncipe de Orange. Esta pérdida de peso les hace pasarse a la oposición, en contra de la monarquía.
A inicios de los 60, se unen varios factores que inciden en empeorar la situación. Felipe II se ve obligado a pedir nuevas aportaciones económicas, además se adoptan medidas con respecto al funcionamiento de los cabildos de las catedrales que daban una gran preeminencia a los hijos menores, segundones de la nobleza. Se persigue a los protestantes, y esa persecución obliga a muchos artesanos a huir, lo que significa pérdidas económicas, y mano de obra especializada. Empobrecimiento del país. Felipe II habla de llevar la Inquisición a los P. Bajos para controlar a los protestantes. Esta idea es la que provoca una mayor reacción en los flamencos, y se forma una delegación de la nobleza encabezada por el Duque de Egmont, con el objetivo de visitar al monarca en Madrid para solicitarle que no lleve a la práctica esa idea, y que fuera más tolerante con los protestantes. Rechazó estas protestas y además tomó nuevas medidas contra los herejes. Los nobles flamencos responden con un manifiesto moderado con el apoyo de una parte de la élite católica. Hacia 1566, los nobles flamencos concluyen una alianza con los calvinistas para oponerse a las medidas de Felipe II.