Con todo Carlos V intenta resolverlo con una manera dialogante, pero a partir de los años 30, ya no se puede hacer nada. Y los príncipes van viendo que el protestantismo va ganando en distintos lugares, y se produce una alianza entre ellos, creándose la Liga de la Esmalcada, una liga contra el Emperador. Una guerra que no soluciona las cosas. En 1555 el hermano de Carlos V, firma en Augsburgo la paz, donde se dice que los protestantes pueden seguir siendo protestantes y que los súbditos deben seguir la religión del príncipe. La Reforma ha triunfado y será una de las causas de que Carlos V se retire a Yuste.
La vinculación entre política y religión como cohesionadora social, va a dar enfrentamientos teóricos y en el camino de la práctica que llevarán a las guerras. En un primer momento, en la ruptura por el liberalismo, la actitud de quien es la figura real más importante de Europa, y ocupa el imperio, Carlos I es de intentar un acuerdo entre protestantes y católicos por medio de reuniones con la Dieta (parlamento germánico) para conseguir un consenso. Esta etapa de intento de acuerdo fracasará. Las dietas de Spira o Maguncia no darán resultado porque como dice Lutero, el protestantismo había canalizado una protesta política hacia el emperador. Carlos V tendrá que enfrentarse a príncipes militarmente.
A partir de la segunda mitad del XVI, se aprecian dos momentos diferentes en cuanto a la capacidad de diálogo con el oponente. Más abiertos hacia el diálogo al principio, y la etapa posterior, de la segunda mitad, marcada por un cierre de posturas. En este cierre van a jugar un papel fundamental dos acontecimientos que van a marcar ese enfrentamiento:
-En el ámbito protestante aparece Calvino que estructura la religión protestante e intenta introducir una reglamentación en el protestantismo, y darle una coherencia interior. Hasta entones tenía muchas ramas. La unificación pasa en primer lugar por fijar las creencias fundamentales del protestantismo articulando una teología que diera fuerza interna y lo homogenice. Al fijar las ideas que hay que creer, se introduce una rigidez que permite rechazar lo que es distinto más todavía. Una mayor dificultad para llegar a acuerdos con el rey.
-El Concilio de Trento es el momento en el que desde Roma, se articula y fijan los principios de la fe católica, muchos de ellos en contraposición con el protestantismo. A partir de ahora se llamará catolicismo. Como en lo referido a los matrimonios o la castidad de los protestantes. Además intenta introducir unas nuevas formas de actuación dentro de la Iglesia para con los sacerdotes. Se hace hincapié en su formación, en la necesidad de que residan en las sedes a las que están asignadas… Aborda tanto elementos teológicos y de credo como de comportamiento y disciplina. Al definir de forma estricta los elementos de fe de la religión católica, está cerrándose a cualquier posibilidad de compromiso con los protestantes.
Ambos han fijado sus principios de forma inamovible. Esto hace que sólo quede como vía la confrontación a nivel teológico, y a nivel de Estados que apoyan a cada una de las iglesias.
INGLATERRA se había adelantado a esta etapa religiosamente represiva de finales del XVI, porque su etapa se encuentra entre los 30 y los 60 para ellos. Afecta fundamentalmente durante el reinado de Enrique VIII y Eduardo VI, durante los que los católicos fueron duramente perseguidos y la represión continuará durante el reinado de María Tudor, pero esta vez sobre los protestantes. A ella se le conocerá como Bloody Mary, aunque no fue mucho más represiva que los protestantes. Le sucede su prima Isabel I que ocupa su reinado prácticamente la segunda mitad del XVI y principios del XVII. Pasan los católicos a ser los perseguidos. Al subir al trono hay determinadas instituciones que controlan los católicos como la Cámara de los Lores, y son mayoría en el Norte y Oeste de Inglaterra. Pero el resto, y la Cámara de los Comunes es protestantes. Isabel buscará su apoyo. Un año después de subir al trono, firma el acta de supremacía por la cual somete a la Iglesia a su figura. El acta de Uniformidad obliga a adoptar como libro del Anglicanismo, uno de los libros de Calvino. Los obispos se vieron obligados a hacer juramento de fidelidad a la soberana, y cuando algunos rechazaron esta imposición, Isabel les depuso de su cargo, y nombró a otros más fieles.
Se elaboraron los 39 artículos que definían esta doctrina. Como Trento, hablaban de la disciplina del clero. Esta reacción protestante y el apoyo de la reina, provocó la acción de Roma con Pío V que trató de impulsar una sublevación de los nobles del norte de Inglaterra contra la reina, y la excomulgó, y libera a los católicos de acatar las órdenes de la reina. Esta actuación provocó una afirmación por parte de la reina de la supremacía protestante. Isabel inició una dura persecución hacia los católicos, ejecutando entre otros al Duque de Northfold, que había sido de los favoritos de la reina. Además expulsó a los jesuitas acusándoles de traición, y algunos fueron ejecutados. Es en esta oleada de persecuciones cuando muere María Estuardo, prima de Isabel.