Tras la muerte de Isabel, siendo Fernando regente de Castilla, Navarra va a ser ocupada militarmente. La excusa fue que Navarra impidió pasar por sus territorios al rey Fernando para atacar Francia. Este reino fue incorporado a la Corona de Castilla pero mantuvo sus propias instituciones y leyes. 

Parte de la política exterior de Los Reyes Católicos se basó en una hábil política matrimonial de sus hijos con el Imperio alemán e Inglaterra. De este modo, prepararon la anexión de Portugal e intentaron aislar a Francia.
REORGANIZACIÓN DEL ESTADO. LAS INSTITUCIONES
Además de la uníón territorial, los Reyes Católicos coinciden en la necesidad de imponer su autoridad a la nobleza y a parte del clero. Primero vencen por las armas a la nobleza y a los grandes señores eclesiásticos en la Batalla de Toro (1476), e impusieron su autoridad. A continuación, recuperaron parte del patrimonio real que estaba en manos de los señores. Los monarcas aceptaron garantizar a la aristocracia y a la Iglesia su poder e influencia a cambio de su sumisión política. Así consolidan los privilegios jurisdiccionales (señoríos) de nobles y eclesiásticos, así como su poder dentro de la Mesta. Por otro lado las Leyes de Toro (1505) generalizaron la institución del mayorazgo, que vincula la tierra a los grandes títulos nobiliarios.
Cataluña fue la única zona donde el poder de la nobleza fue contenido ya que con la Sentencia Arbitral de Guadalupe (1486) el rey Fernando abolíó los »malos usos» (maltrato al vasallo, derecho de pernada…) y establecíó el censo enfitéutico (pago fijo y perpetuo mediante el cual el campesino tenía derecho al disfrute de la tierra).
Dominados la nobleza y el clero, los monarcas organizaron una serie de instituciones para afirmar la autoridad real. Crearon un ejército permanente, en el que la nobleza, apartada de la política, conservó cargos y privilegios. Para reforzar su política exterior, también crearon un cuerpo de embajadores permanentes que atendía a los asuntos diplomáticos.
En Castilla aparece la figura del corregidor, cuya función era representar el poder real en villas y ciudades, presidían los ayuntamientos y también asumían funciones judiciales. Eran los encargados de trasladar a las autoridades locales las órdenes de la Corte. También se creó la Santa Hermandad, con atribuciones policiales, judiciales y de recaudación de impuestos. Estaba formada por milicias financiadas por los municipios que se encargaban de mantener el orden. Las Cortes de Castilla pierden protagonismo ya que sólo se convocaban cuando se necesitaban más recursos financieros o para confirmar a un nuevo rey.  Para administrar la justicia se reorganizan las Audiencias, una de las más importantes era la de Valladolid.  Los reyes también reorganizaron el Consejo Real, que pasa a ser un órgano consultivo, apartando a la gran nobleza.
En la Corona de Aragón se mantuvieron las instituciones tradicionales, y un mayor peso político de las Cortes. Se instituyó el cargo de virrey, que era un representante de los monarcas y que ejercía la autoridad real. En Aragón sigue vigente la figura del Justicia Mayor, cuya misión era ejercer de árbitro entre el rey y súbditos. El rey Fernando crea otro Consejo Real en Aragón. Las Cortes  representaban a los grupos sociales más privilegiados, tomaban juramento al rey, haciéndole aceptar los fueros o leyes de cada territorio y también votaban nuevos impuestos.LA IMPOSICIÓN DE LA UNIFORMIDAD RELIGIOSA
Para completar la unificación, los Reyes Católicos impusieron la religión católica en sus territorios. La convivencia entre cristianos, judíos y musulmanes era difícil y llegaban al enfrentamiento. Los monarcas encontraron en la imposición de la fe católica, el mecanismo para integrar e unificar a la totalidad de los habitantes de sus reinos.
El instrumento central fue el Tribunal de la Santa Inquisición, creado por la autoridad pontificia para reprimir la herejía, la superstición y la brujería. Los monarcas reforzaron esta institución y la convirtieron en un instrumento de control ideológico al encargarle la persecución de los sospechosos de herejía y especialmente de los judíos y musulmanes conversos. Sus métodos se basaban en la tortura y la muerte.
La expulsión de los judíos que no aceptaron convertirse al catolicismo en 1492, fue una de las primeras decisiones reales en defensa de la unidad religiosa. Los judíos gozaban de cierto estatus económico aunque estaban excluidos de la vida pública y eran obligados a vivir en barrios separados (juderías). Fueron obligados a bautizarse y los que se negaron, fueron expulsados y confiscaron sus propiedades.
Tras la conquista de Granada se garantizó a los musulmanes (mudéjares) el mantenimiento de su cultura, costumbres, leyes y religión pero a principios del Siglo XVI se impusieron los bautizos siendo obligados a bautizarse o a exiliarse.
Conclusión
El reinado de los Reyes Católicos se considera el origen del “Estado Moderno” en España. Los monarcas se desplazaban por todo el territorio, sin tener una capital fija. En 1492 Cristóbal Colón, en nombre de la Corona de Castilla, llegó al continente americano y empezó así un proceso de conquista, explotación y organización de los nuevos territorios. A su vez, sentaron las bases del poder de la Corona, frente a la Iglesia y la nobleza, y se originó una incipiente administración central. La sociedad manténía, básicamente, las mismas carácterísticas que en la Baja Edad Media. Era por tanto mayoritariamente rural, con predominio social de la nobleza y profundamente dominada por las creencias religiosas.