Isabel y Fernando contrajeron matrimonio en 1469. Isabel sucede a Enrique IV en el trono de Castilla en 1474. En este mismo año Alfonso V de Portugal invade Castilla y reivindica el trono para Juana la Beltraneja, con quien estaba prometido. Esto provoca una Guerra Civil en la que Isabel cuenta con el apoyo de las ciudades, el clero, la nobleza y Aragón, mientras que Juana cuenta con el apoyo del arzobispado de Toledo, un sector de la nobleza, Portugal y Francia. En 1478 se firma un tratado por el cual Portugal reconocía a Isabel como reina de Castilla y, a cambio, Castilla renunciaba a las exploraciones por la costa atlántica de África.
Posteriormente tras la muerte de Juan II, Fernando accedíó al trono Aragónés (1479). La uníón dinástica entre los dos reyes, Isabel I y Fernando II, fue una uníón personal, pero no institucional, ya que en la práctica las dos Coronas siguieron siendo independientes por lo que se trataba de una monarquía dual. Esta uníón se recogía en la Concordia de Segovia (1475) en la que se reconocía que cada reino manténía sus leyes, sus instituciones y sus fronteras. Solamente estuvieron unidos por la política exterior y la Santa Inquisición.
Las conquistas eran repartidas entre los reinos, y solamente sus herederos serían reconocidos como reyes legítimos de ambos reinos.
En esta época el reino granadino sufría una gran crisis interna. Desde problemas entre grupos nobiliarios y abencerrajes, y disputas del sultán con su hermano y su hijo. En la guerra encontramos tres fases: primera, 1484-1487, en esta se ocupó la parte occidental del reino nazarita; segunda, entre 1488-1490, los castellanos ocupan la parte oriental del reino; y por último en 1491 se desarrolla el asedio de Granada. Boabdil firma las capitulaciones este mismo año y en 1492 entran los Reyes Católicos en la ciudad. Las capitulaciones garantizaban a los musulmanes la libertad religiosa y la conservación de sus bienes y costumbres. Sin embargo en 1499 el cardenal dejó de respetar las capitulaciones y obligó a los musulmanes a convertirse al cristianismo o abandonar Castilla.
Por otro lado la anexión de Navarra se lleva a cabo en 1512 a manos de Fernando Católico, al ser aliado del Papa, pidió a Navarra permiso de paso para atacar Francia. Navarra se negó y Fernando ordenó al Duque de Alba ocupar el reino. Fernando, en realidad, lo que no aceptaba era el matrimonio entre la hija del rey de Francia y el heredero del reino de Navarra porque temía la intervención de Francia al sur de los Pirineos. Bajo el pretexto de una supuesta conspiración, entró en Pamplona y se anexiónó Navarra, permitiendo que conservara sus fueros e instituciones.
Las Islas Canarias quedaron bajo soberanía de Castilla a raíz del Tratado de Alcacovas-Toledo, que suscribieron las Coronas de Castilla y Portugal y que puso fin a la Guerra Civil castellana. A partir de entonces, las operaciones se centraron en las tres islas que quedaban por conquistar; Gran Canaria, cuya población fue sometida por Pedro de Vera en 1483; La Palma en 1493 y Tenerife en 1496, ambas ocupadas por Alonso Fernández de Lugo y convertidas en tierras de realengo.
La conquista se facilitó gracias a las diferencias entre las tribus que existían dentro de cada isla. La aproximación definitiva a Portugal se ratificó en el Tratado de Tordesillas en 1494, en el que ambos reinos se repartieron la influencia política en el mundo.
Para asegurar las relaciones diplomáticas con Portugal, los Reyes Católicos pactaron el matrimonio de su hija Isabel con el heredero portugués. El hijo de ambos murió y poco después Isabel. Sin embargo se mantuvo la alianza con el matrimonio de Manuel I con María, otra hija de los Reyes Católicos.
La uníón de Fernando e Isabel comportó una unidad dinástica pero no nacional ya que cada reino conservó sus leyes e instituciones propias y tan sólo compartieron en común la Santa Inquisición. Fue un modelo de gobierno autoritario. Por un lado Castilla, parte las reformas de la remodelación del Consejo Real que se dividíó en salas: Estado, Hacienda, Justicia y Hermandad. Todas estas nuevas instituciones mejoraron las gestiones y aumentaron los ingresos. Se controló a los militares nombrándose el rey como gran maestre. Por último para mantener el orden público se creó la Santa Hermandad en 1476. Por otro lado en Aragón, se mantiene la idea de monarquía pactista ya que Fernando apenas modificó las instituciones de la Corona de Aragón ni tampoco pretendíó unificar Aragón, Cataluña y Valencia. La sentencia arbitral de Guadalupe en 1486 puso fin al conflicto de los remensas en Cataluña.
Italia fue el escenario del enfrentamiento directo con Francia. Fernando el Católico y Francia se enfrentaron en dos momentos. El primer fue la ocupación del reino de Nápoles y la destitución de su rey, Ferrante, a manos del ejército francés de Carlos VIII. El Papa y Venecia, pidieron ayuda a Fernando y al final liberaron Nápoles. El segundo momento fue el reparto de Nápoles entre los Reyes Católicos y Luis XII de Francia, rubricado en el Tratado de Granada Al final por el Tratado de Lyon (1503) el reino de Nápoles se incorporó a la Monarquía Católica. Con ello las aspiraciones de Aragón quedaban cumplidas y demostrada la capacidad para la política exterior del rey Fernando. Además, los Reyes Católicos decidieron expandirse por el Magreb para proseguir su labor evangelizadora y frenar a los berberiscos. La campaña comenzó por la conquista de Melilla (1497) y luego se conquistó Mazalquivir. Con el Cardenal Cisneros se conquistó el Peñón de Vélez, Orán, Bugía, Argel, Túnez, La Goleta y Trípoli. Sin embargo, tras la derrota sufrida por las tropas católicas en el año 1511 en las islas de Gelves, solo quedarían unas cuantas plazas fuertes y la piratería seguía asentada en el norte de África.