Carlos I es un Habsburgo, heredero del trono imperial. Será el emperador Carlos V desde 1519, y con él llega la dinastía de los Austrias a España, en el año 1516. En 1492 se había descubierto América, y se había iniciado la conquista y colonización del Nuevo Mundo. Carlos I se titulará rey de España, pero mantendrá la estructura de reinos independientes en la península. Se mantendrán las aduanas, las instituciones y la Administración separada de todos los reinos. Castilla tendrá unas Cortes, y Navarra y el reino de Aragón tendrán las suyas por separado. Sólo la Inquisición permite a los reyes tener una jurisdicción uniforme en todo el reino. España es un reino plural en el que están vigentes leyes diferentes para los distintos reinos. Los Habsburgo continúan con el pactismo típico de la Corona de Aragón, a pesar de ser reyes autoritarios. La monarquía hispánica es casi el único elemento de unión y lo que hace la nación española. En la época no se identifica España con Castilla.Pero los reinos están divididos en provincias, y estas están creadas en virtud de relaciones de vasallaje de origen medieval. Los señores, las órdenes militares y los conventos son los dueños de territorios que les prestan homenaje, y así se constituyen las provincias. De esta manera, es frecuente que las provincias sean territorios fragmentados y de tamaño muy diferente. Esta estructura provincial es muy poco eficaz para el gobierno absoluto. Las provincias se dividirán entre las de señorío y las de realengo, dependiendo de quién sea el titular de las tierras. La monarquía absoluta tratará de recuperar las tierras de señorío para quitar poder a la nobleza. Para ello intentará extender el fuero de las ciudades a todo el país para que el derecho sea territorial. Una de las cuestiones de fondo será el concepto de naturaleza y extranjería. Será natural de un sitio aquel que esté vinculado a la tierra y al señor titular, por relaciones de vasallaje. De esta manera, un noble que está avasallado con el rey es natural de su reino, pero si se revela, él y su territorio feudal salen del reino. Es, pues, natural de un lugar quien ha nacido allí y quien vive de manera estable. Ser natural de un lugar es muy importante a la hora de ocupar cargos públicos. Cuando un rey quería nombrar a un extranjero para un cargo debía concederle una Carta de Naturaleza. Los extranjeros son, pues, quienes viven en un lugar que no es el de su nacimiento, y no están avecindados. Los extranjeros suelen tener estatutos y fueros particulares, como los francos del camino de Santiago, o los genoveses de los puertos marítimos. Esto implica que los naturales de un reino son extranjeros en otro, aunque ambos reinos pertenezcan a la misma corona.
La conquista de América da a las instituciones castellanas una importancia mayor que a las de los demás reinos, pero los Austrias no tratan de imponerlas en toda la península. Con el tiempo, los particularismos de los distintos reinos se mitifican, y aparecen las reivindicaciones frente a la corona. El reinado de Felipe II es difícil, ya que ha de buscar un equilibrio entre el centralismo autoritario de la monarquía y la tendencia separatista de la periferia. Felipe II había recibido en 1580 la herencia de Portugal, y su imperio. La península está unificada bajo una sola corona, pero esta unión sólo durará hasta 1680, en que Felipe IV pierde Portugal, y mantiene una guerra, por la independencia, con Cataluña. En este sistema, es Castilla quien se lleva la mejor parte de los beneficios de la conquista de América, pero también los mayores gastos. Cuando caen los beneficios, y comienzan las guerras europeas, la Corona, a través del conde-duque de Olivares, tratará de repartir las cargas entre todos los reinos, y surgirán los conflictos, porque esto suponía terminar con la separación por reinos y mezclar los vasallos, lo que atentaba contra el concepto de naturaleza y extranjería, el nombramiento de cargos públicos, la recaudación de impuestos, el servicio de armas y las leyes tradicionales (fueros). Al final, triunfa el foralismo, impidiendo hacer de España una monarquía eficaz con un gobierno y una administración racional. En la Corona de Aragón las unidades territoriales fundamentales son: las veguerías en Barcelona, de las que habrá entre 15 y 18 hacia 1630; las sobrecullidas (o distritos) en Aragón, que serán 11, y que en 1610 se convertirán en 13 veredas. En Mallorca habrá dos veguerías, y en Valencia cuatro gobernaciones y once distritos. En la Corona de Castilla la ordenación del territorio es más racional, aunque Navarra, Vascongadas, Asturias y Galicia tendrán sus Juntas Generales. Navarra es un reino a parte. Vascongadas recibe del rey Felipe III, en 1610, el reconocimiento de hidalguía para todos los guipuzcoanos, de esta época parte la peculiaridad vasca. En Álava, desde 1537, el territorio se divide en seis cuadrillas, repartidas en hermandades. Pero salvo estas excepciones, el resto de la corona tiene una ordenación uniforme. La división en reinos acabó por sucumbir. Había 19 merindades y 17 distritos, cuyos límites coincidían con los de los obispados. Las Cortes se reunían por ciudades. Estas se convocaban para aprobar los impuestos extraordinarios, por lo que había que delimitar las circunscripciones fiscales. En 1556 el territorio se divide en 40 partidos, de los cuales 18 son provincias, las que tienen por capital ciudades con voto en las Cortes. Pero el área que controlaban estos partidos y provincias dependía de los territorios señoriales. En 1691 se ordena que, a efectos fiscales, sólo haya 21 provincias. A efectos gubernativos se afirman los corregimientos, sólo en el realengo. En 1610 hay 68 corregimientos y tres adelantamientos. En 1610 la corona se divide en cinco partidos, que comprenden entre 13 y 18 corregimientos, más los adelantamientos, más los maestrazgos y un priorato. En 1690 los partidos aumentan a nueve, pero esta cifra cambiará muchas más veces.